bioformats: microformats for biology

Modern biological research is reliant on the data and tools made available on the web. However, even as the volume of biological data grows, and as new tools arrive to accommodate this growth, putting them to work is not straightforward. Cut and paste, screen scrapers and custom parsers are all common place. Microformats offer an alternative. 

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Bioformats sind Mikroformate um biologische Daten abzubilden. Es gibt schon ein paar Working Drafts für Proteine, Gene und Abläufe, wobei bisher nur die hGenes ausformuliert wurden.

Ein hGene könnte wie folgt aussehen:

<div class='hgene'>
  <span class='name'>BRCA2</span>
  <p class='description'>
    Breast cancer type 2 susceptibility protein 
    (Fanconi anemia group D1 protein)	
  </p>
  <ul>
    <li>Genbank: <a href='genbank.pl?U43746' class='ident' rel='genbank'>U43746</a></li>
    <li>Entrez: <a href='entrez.pl?675' class='ident' rel='entrez'>675</a></li>
    <li>Location: <a href='lookup.pl?675' class='location' rel='homo_sapiens'>13:31787611-31871347</a></li>	  
  </ul>
</div>Code-Sprache: HTML, XML (xml)

Witzige Idee… vor allem das Logo!

Mal schauen was neben Microformats, Nanoformats, Picoformats und jetzt auch Bioformats noch so alles entsteht.